Significa un olor desagradable sui-generis (es decir tiene ese olor aunque sea productos fresco)
Por lo general se refieren a los huevos (por eso al cocinarlos les ponemos cebolla o loroco) para que esconda el olor natural del huevo.
Igual, para el caso que decís, una sopa chuquillosa es una sopa como de gallina o pollo, que no lleva hierbitas (cilantro, laurel, etc) que le escondan el olor natural de la carne de pollo.
Otras carnes que tienen "chuquilla" son la carne de garrobo, conejo, y la de tacuazin (bien preparada dicen que es buena)