Quiere decir que mediante el apoyo de las autoridades oculta su verdadera personalidad o identidad para protegerse por ser testigo importante o para que logre investigar algún caso importante. Oculto, disimulado, protegido, disfrazado, espía.
Sinónimos de encubierto son oculto disimulado protegido disfrazado
Antónimos de encubierto son denunciado revelado presentado
Usado así en Colombia
"Un espía generalmente es un agente encubierto."