En realidad paita, literalmente, es una frase quechua y significa ¿a él¿. No debe confundirse con ¿taita¿ que es un sustantivo y significa ¿padre¿, en cambio ¿paita¿ es una frase compuesta por un pronombre (pay = él) y una preposición (ta = a).
La generación de este nombre se debe, posiblemente a dos razones:
Primero: Cuando a un nativo que está andando acompañado de otros, un extraño le pregunta algo, no va ha responder a la pregunta sino que va a decir ¿pregúntale a él¿ señalando a otro. Y esto en quechua, sobreentendiendo el verbo, es ¿pay-ta¿.
Segundo: Según los historiadores este lugar ha sido a donde han llegado mayor cantidad de embarcaciones de los conquistadores. Por tanto también llegaba más gente que no conocía el lugar ni tampoco sabían el quechua. Y, apenas pisaban tierra preguntaban: ¿¿Cómo se llama el lugar? Y las respuestas que recibían eran ¿paita¿, ¿paita¿, ¿paita¿¿ Tanto que los españoles creyeron que el lugar se llamaba Paita y le pusieron el nombre de San Francisco de Paita. Se fue San Francisco y quedó Paita.