Quiere decir hacer reparos, demostrar inconformidad por algo, generar obstáculos. Objetar, refutar, argüir, controvertir, reparar.
"Es una costumbre de las personas inconformes, poner peros a todo."
No es una locución, y se entiende perfectamente con poner, pero ("objeción").
"Disértese de biología poliédrica, [...] de cualquier clase de pentanomía pantanómica, hágase cualquier peralada, pero ¡ojo con hablar de la ley de vida de las colonias o con poner peros a la fe en nuestro ingénito valor! (M. de Unamuno"
PONER PEROS presentar objeciones, colocar obstáculos (a una propuesta)Sinónimos de poner peros son criticar
"Tu siempre poniendo peros a todo. Eres frustrante."